Le fonti comunali fanno risalire il primo nucleo abitativo al periodo romano. Nel Medioevo il centro era noto come Pauli e apparteneva alla curatoria del Campidano di Càlari.
Dal villaggio medievale al nome attuale
Dopo secoli di vicende feudali, il territorio conobbe una forte ripresa agricola, in particolare legata alla viticoltura. Il nome sardo Pauli o Paulli richiama la presenza di aree paludose. Nel tempo comparvero le forme Paùly, Paùli Pirri e Paùli Monserrato.
L’attuale denominazione Monserrato fu assunta l’11 aprile 1888, per volontà del Consiglio comunale e con Regio decreto, richiamando il culto della Madonna di Montserrat.